Didirikan pada tahun 2009 berdasarkan Keputusan Rektor Universitas Muhammadiyah Sukabumi Nomor 233/KEP/I.O/C/2009 Tanggal 14 April 2009 (29 Rabiul Tsani 1431 H).
Fakultas Pertanian terdiri dari 2 (Dua) Program Studi, yaitu:
- Program Studi Agribisnis
- Program Studi Akuakultur
Yaitu program studi yang merupakan program sarjana. Berdirinya Program Studi Agribisnis dan Akuakultur tidak terlepas dari kondisi Sukabumi yang memiliki potensi sangat besar di bidang pertanian dan perikanan, termasuk kelautan di dalamnya, namun masih belum dimanfaatkan secara optimal.
Menurut sejarah berdirinya UMMI, Fakultas pertanian merupakan syarat berdirinya UMMI yang mengalihfungsikan/menggunakan Gedung Pemda Kabupaten Sukabumi sebagai Kampus UMMI.
Faperta UMMI dengan kedua prodi yang ada di dalamnya saat ini telah banyak berperan dalam pembangunan Kabupaten Sukabumi dibidang pertanian dan perikanan. Terbukti dengan direkognisinya dosen-dosen Faperta oleh Pemda maupun stakeholder lainnya melalui kegiatan penelitian dan pengabdian masyarakat.
Faperta UMMI dengan kedua prodinya telah memiliki reputasi sebagi rujukan dibidang keilmuan, tidak hanya dilingkungan pemda tetapi juga diakui oleh Universitas yang memiliki reputasi QS 100.